Program studi Agroteknologi merupakan peleburan dari tiga program studi yang sebelumnya ada di Fakultas Pertanian Universitas Riau yaitu Program Studi  Agronomi, Program Studi Hama dan Penyakit Tumbuhan dan Program Studi Ilmu Tanah. Program Studi Agroteknologi terbentuk berdasarkan pada SK. Dikti Nomor : 163/DIKTI/KEP/2007 tentang “Penataan dan Kodefikasi Program Studi pada Perguruan Tinggi”, ditindak lanjuti dengan ijin penyelenggaraan SK. Dikti Nomor : 511/D/T/2010. Pada tahun 2013, Prodi Agroteknologi berhasil memperoleh akreditasi B dari BAN-PT berdasarkan Keputusan BAN-PT No. 211/SK/Ban-PT/Ak-XVI/S/X/2013. Akreditasi berlaku dari tanggal 19 Oktober 2013 hingga 19 Oktober 2018.